7.1 环境配置¶

本节介绍计算环境的 Shell 类型、home 目录配置文件，以及使用 module 工具加载软件环境的方法。

7.1.1 Shell 版本¶

计算环境支持 bash、tcsh、zsh

7.1.2 home 目录¶

File	功能	注意事项
`~/.bashrc`	用于用户自定义 Bash shell 的行为和环境。你可以在 `.bashrc` 文件中设置环境变量，比如修改 `PATH` 路径以添加自己的程序目录等。	当用户启动一个交互式非登录 shell 时（即打开新的终端窗口或标签），`.bashrc` 文件会被自动加载。修改完成后需要使用 `source ~/.bashrc` 使其生效，建议每次修改前对该文件做备份，以便误操作后最大程度恢复
`~/.zshrc`	用于用户自定义 Zsh shell 的行为和环境，功能与 `.bashrc` 类似。	当用户启动交互式 Zsh shell 时，`.zshrc` 文件会被自动加载。修改完成后使用 `source ~/.zshrc` 使其生效。
`~/.bash_profile`	登录 shell 后的配置文件，用于设置用户环境变量和启动程序。	仅在用户登录时加载

需谨慎修改的环境变量

系统路径类变量，如 PATH, LD_LIBRARY_PATH 等。
调度器/作业提交相关变量，Slurm 相关：SLURM_JOB_ID, SLURM_NTASKS, SLURM_SUBMIT_DIR 等。
编译器与数学库相关变量，如 MKLROOT, MKL_LIBDIR, MKL_INCLUDE_DIR 等。

系统关键变量不建议在 ~/.bashrc 中修改，而是在调度器提交脚本中使用。不建议修改的系统关键变量例如：

HOME   用户主目录路径，修改后各种配置文件的路径会发生变化，导致原有配置失效
SHELL  用户使用的 shell 类型，修改后可能导致原有配置失效

rc 文件中禁止包含阻塞式交互操作

如果用户的 rc 文件（.bashrc、.zshrc、.tcshrc 等）中包含阻塞式输入（如 read、等待用户确认等）或类似的交互式执行程序，INK 等平台在使用用户身份提交作业或创建文件时可能会失败。这是一种 不规范的配置模式 。

解决方案：在 rc 文件中添加非交互式会话防护，如果是非交互式会话登录，则退出 rc。代码如下：

BASH
```
[[ $- != *i* ]] && return
```

ZSH

if [[ ! -o interactive ]]; then
    return
fi

TCSH/CSH
```
if (! $?prompt) then
    exit
endif
```

7.1.3 module 工具使用说明¶

module 工具是一种常用于高性能计算环境的动态环境管理工具。它允许用户通过加载和卸载模块文件来灵活地修改其 shell 环境，从而方便地管理软件包和依赖。主要功能包括列出可用模块、加载和卸载模块、显示当前加载的模块以及查看模块详细信息。使用 module 工具，用户可以轻松切换不同的软件版本，确保环境的一致性和灵活性。

添加 modulefile 路径¶

module use /cvmfs/slurm.ihep.ac.cn/alma9/modulefiles

查找可用的软件及版本¶

module avail

输出示例：

------------------------------ /cvmfs/slurm.ihep.ac.cn/alma9/modulefiles ------------------------------------
anaconda/24.3.0                              intel_oneapi/compiler-rt32/2024.1.0       intel_oneapi/tbb32/2021.12
cmake/3.18.4                                 intel_oneapi/compiler-rt32/latest         intel_oneapi/tbb32/latest
cmake/3.26.4                                 intel_oneapi/compiler/2024.1.0            intel_oneapi/vtune/2024.1
cmake/3.29.1                                 intel_oneapi/compiler/latest              intel_oneapi/vtune/latest
cp2k/2023.1-gcc11                            intel_oneapi/compiler32/2024.1.0          lammps/2024.02.07
cp2k/2024.1-gcc11                            intel_oneapi/compiler32/latest            lapack/3.11.0-gcc11
cuda/11.0-cvmfs                              intel_oneapi/dal/2024.0.0                 lume-astra/0.6.1
cuda/11.1-cvmfs                              intel_oneapi/dal/latest                   molpro/2015-gcc11
cuda/11.2-cvmfs                              intel_oneapi/debugger/2024.1.0            mpi/mpich/4.1.3
cuda/11.7-cvmfs                              intel_oneapi/debugger/latest              mpi/mpich/4.2.1
cuda/12.2-cvmfs                              intel_oneapi/dev-utilities/2024.0.0       mpi/mvapich/2.3.7
cuda/12.4                                    intel_oneapi/dev-utilities/latest         mpi/mvapich/3.4.3
cuda/12.4-cvmfs                              intel_oneapi/dnnl/3.4.0                   openmpi/4.1.4-gcc11
cuDNN/8.0.5-cuda11.0                         intel_oneapi/dnnl/latest                  orca/5.0.4-gcc11
cuDNN/8.1.1-cuda11                           intel_oneapi/dpct/2024.1.0                python/2.7.18
cuDNN/8.9.7-cuda11                           intel_oneapi/dpct/latest                  python/3.7.16
cuDNN/8.9.7-cuda12                           intel_oneapi/dpl/2022.5                   python/3.8.19
cuDNN/9.0.0-cuda11                           intel_oneapi/dpl/latest                   python/3.9.18
cuDNN/9.0.0-cuda12                           intel_oneapi/ifort/2024.1.0               python/3.10.14
elegant/1.0                                  intel_oneapi/ifort/latest                 python/3.11.8
epics/7.0.7                                  intel_oneapi/ifort32/2024.1.0             python/3.12.2
fftw/3.3.10-gcc11                            intel_oneapi/ifort32/latest               pytorch/2.0.1-cu117-py310
gcc/7.5.0                                    intel_oneapi/intel_ipp_ia32/2021.11       pytorch/2.2.0-cu121-py310
gcc/9.5.0                                    intel_oneapi/intel_ipp_ia32/latest        quickpic/develop
gcc/10.4.0                                   intel_oneapi/intel_ipp_intel64/2021.11    scalapack/2.2.1
gcc/11.4.0                                   intel_oneapi/intel_ipp_intel64/latest     scow/1.0
gcc/12.3.0                                   intel_oneapi/intel_ippcp_ia32/2021.11     tensorflow/2.4.0-cu110-py38
gimic/2.0                                    intel_oneapi/intel_ippcp_ia32/latest      tensorflow/2.11.0-cu112-py310
gromacs/2023.4-gcc11                         intel_oneapi/intel_ippcp_intel64/2021.11  tensorflow/2.15.0-cu122-py310
hdf5/1.10.11                                 intel_oneapi/intel_ippcp_intel64/latest   tensorflow/2.16.1-cu123-py310
intel_oneapi/advisor/2024.1                  intel_oneapi/mkl/2024.1                   TensorRT/7.2.3.4-cuda11.0-cudnn8.1
intel_oneapi/advisor/latest                  intel_oneapi/mkl/latest                   TensorRT/7.2.3.4-cuda11.1-cudnn8.1
intel_oneapi/ccl/2021.12.0                   intel_oneapi/mkl32/2024.1                 TensorRT/8.6.1.6-cuda11.8
intel_oneapi/ccl/latest                      intel_oneapi/mkl32/latest                 TensorRT/8.6.1.6-cuda12.0
intel_oneapi/compiler-intel-llvm/2024.1.0    intel_oneapi/mpi/2021.12                  TensorRT/10.0.1.6-cuda11.8
intel_oneapi/compiler-intel-llvm/latest      intel_oneapi/mpi/latest                   TensorRT/10.0.1.6-cuda12.4
intel_oneapi/compiler-intel-llvm32/2024.1.0  intel_oneapi/oclfpga/2024.1.0             tfpwa/tf2.4.0
intel_oneapi/compiler-intel-llvm32/latest    intel_oneapi/oclfpga/latest               vmd/1.9.4
intel_oneapi/compiler-rt/2024.1.0            intel_oneapi/tbb/2021.12                  warpx/24.02
intel_oneapi/compiler-rt/latest              intel_oneapi/tbb/latest

加载软件环境¶

module load <module_file>
# 例如：
module load cmake/3.18.4
# 查看加载的 cmake 路径
which cmake

输出示例：

/cvmfs/slurm.ihep.ac.cn/alma9/anaconda3/envs/cmake-3.18.4/bin/cmake

查看已加载软件¶

module list

输出示例：

Currently Loaded Modulefiles:
 1) cmake/3.18.4

卸载软件环境¶

# 卸载指定的软件环境
module unload <module_file>
# 例如：
module unload cmake/3.18.4

# 卸载所有加载的软件环境
module purge

查看 module 命令帮助¶

module help

输出示例：

Modules Release 5.3.0 (2023-05-14)
Usage: module [options] [command] [args ...]

Loading / Unloading commands:
  add | load      modulefile [...]  Load modulefile(s)
  try-add | try-load modfile [...]  Load modfile(s), no complain if not found
  add-any | load-any modfile [...]  Load first available modulefile in list
  rm | unload     modulefile [...]  Remove modulefile(s)
  purge                             Unload all loaded modulefiles
  reload                            Unload then load all loaded modulefiles
  switch | swap   [mod1] mod2       Unload mod1 and load mod2
  refresh                           Refresh loaded module volatile components
  reset                             Restore initial environment

Listing / Searching commands:
  list   [-a] [-t|-l|-j] [-S|-C] [mod ...]
                                    List all or matching loaded modules
  avail  [-a] [-t|-l|-j] [-S|-C] [-d|-L] [--indepth|--no-indepth] [mod ...]
                                    List all or matching available modules
  aliases         [-a]              List all module aliases
  whatis [-a] [-j] [modulefile ...] Print whatis information of modulefile(s)
  apropos | keyword | search [-a] [-j] str
                                    Search all name and whatis containing str
  is-loaded       [modulefile ...]  Test if any of the modulefile(s) are loaded
  is-avail        modulefile [...]  Is any of the modulefile(s) available
  info-loaded     modulefile        Get full name of matching loaded module(s)

...

常见问题（FAQ）¶

见常见问题。

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